Третья часть японской трилогии о противостоянии легендарных монстров разворачивается спустя год после эпической битвы Годзиллы с обновлённой Механической Годзиллой. Действие переносит зрителя в Токио, где после временного затишья вновь начинают происходить необъяснимые явления, предвещающие новую катастрофу масштабного уровня.
