События третьего фильма о знаменитых черепашках-ниндзя разворачиваются сразу после спасения Эйприл из лап Шреддера. Девушка на распродаже антиквариата покупает Сплаinteру старинный японский скипетр, не подозревая, что это артефакт с способностью перемещать во времени. Когда Эйприл случайно активирует его, она попадает в феодальную Японию 1603 года, в разгар противостояния кланов.
