Четыре года после событий первой части агенты Джей и Кей продолжают защищать Землю от скрытых инопланетных угроз, работая в секретной организации «Люди в чёрном», о существовании которой не знает никто из обычных людей. В прошлом Кей успешно выполнил ответственное задание: он спрятал опасный космический артефакт под названием «Светоч», который не должен попасть в чужие руки.
